Dans "Tenchu: Fatal Shadows," les joueurs peuvent incarner deux personnages ninjas différents, Rin et Ayame, chacun ayant sa propre histoire et ses propres compétences. Les joueurs doivent se frayer un chemin à travers des niveaux complexes, éliminer des ennemis silencieusement et accomplir divers objectifs d'infiltration.

Le gameplay se caractérise par la furtivité, l'utilisation d'armes et d'outils de ninja, et l'exécution de mouvements acrobatiques pour échapper à la détection des ennemis. Le jeu récompense la discrétion et la stratégie plutôt que l'affrontement direct.

"Tenchu: Fatal Shadows" a été bien accueilli par les fans de la série pour son gameplay fidèle à la franchise, son ambiance immersive du Japon médiéval, et ses défis d'infiltration stimulants. Il a contribué à maintenir la popularité de la série "Tenchu" parmi les amateurs de jeux d'infiltration sur la PS2.